一般來說，拓撲指數，有時也稱為圖論指數，是化學圖的數值不變數 (Plavšić et al. 1993)。 特定的拓撲指數包括 Balaban 指數、Harary 指數、分子拓撲指數 和 Wiener 指數。 除非另有說明，否則氫原子通常在這些指數的計算中被忽略，就像有機化學家在將苯環寫成六邊形時通常所做的那樣 (Devillers and Balaban 1999, p. 25)。
圖指標的“拓撲指數”定義為
其中 是鄰接矩陣， 是圖距離矩陣，並且 表示 矩陣加法 的行列式 (Devillers and Balaban 1999, p. 31)。
Devillers, J. 和 Balaban, A. T. (Eds.). 拓撲指數和 QSAR 與 QSPR 中的相關描述符。 阿姆斯特丹，荷蘭：Gordon and Breach, p. 31, 1999。Plavšić, D.; Nikolić, S.; Trinajstić, N.; 和 Mihalić, Z. "關於用於表徵化學圖的 Harary 指數。" J. Math. Chem.12, 235-250, 1993.Schultz, H. P. "拓撲有機化學。 1. 烷烴的圖論和拓撲指數。" J. Chem. Inf. Comput. Sci.29, 227-228, 1989.Schultz, H. P.; Schultz, E. B.; 和 Schultz, T. P. "拓撲有機化學。 第 2 部分。烷烴的圖論、矩陣行列式和特徵值以及拓撲指數。" J. Chem. Inf. Comput. Sci.30, 27-29, 1990.
是鄰接矩陣，
是圖距離矩陣，並且 
表示 矩陣加法 的行列式 (Devillers and Balaban 1999, p. 31)。